Måske bliver det i fremtiden lidt sværere at skaffe de nødvendige mængder affald til at fremstille biogas. I hvert fald, hvis vi skal holde planerne om, at mængden af biogas skal øges til det dobbelte allerede i 2020. Det vil nemlig kræve opførelse af et pænt antal værker til produktion af biogas. Ikke alle drives med gylle og andre produkter fra landbruget, men bruger i høj grad affald fra husholdninger og industri som ressource. Det er det, man kalder det fede affald, hvor der er masser af fedt og organiske materialer, som kan rådne og dermed afgive gassen.
Manglen på affald kommer i kølvandet på den nye affaldsstrategi fra den daværende socialdemokratiske regering under Helle Thorning-Schmidt, med Ida Auken som miljøminister. Her er målet af reducere affaldsmængderne betragteligt, og langt det meste skal gå til genbrug eller genanvendelse. Mindre skal forbrændes, og i stedet skal en større del forgasses i biogasanlæg. Men væksten i antallet af biogasværker kan overstige de mængder affald, der er til rådighed.
Energiafgrøder eller hønsemøg i stedet?
En løsning på udfordringen med at skaffe nok biomasse til produktion af gas 
kan være at supplere mere med energiafgrøder. Det gør man for eksempel i stor stil i Tyskland, hvor der er et større tilskud til produktion af biogas og dermed lidt bedre muligheder for at manøvrere blandt de alternativer, der findes. Faktisk er en stor del af den majs, der eksempelvis dyrkes i Sønderjylland, dyrket som lønarbejde for tyske aftagere af afgrøden, der så anvendes til at booste produktionen af biogas i de tyske anlæg.
Der er også i forskningskredse stor fokus på, om man i højere grad kan udnytte hønsemøg til produktion af biogas. Hønsemøg har et stort udfaldsrum for at kunne give gode resultater i gasproduktionen, og på eksempelvis Frijsenborg gods har man allerede bygget et stort anlæg til produktion af biogas på basis af møg fra godsets store produktion af kyllinger.
Man kan også køre gylle, der har været gennem et anlæg én gang, igennem en gang mere og på den måde få ekstra gas ud af gyllen – og dermed forbedre økonomien i produktionen af biogas. Det eksperimenteres der blandt andet med på den forskningsinstitution, som Aarhus Universitet driver i Foulum nær Viborg. Her er der opført et forsøgsanlæg, hvor man blandt andet tester forskellige typer af råmaterialer til gasproduktionen.